Functionaliteit van voedselbacteriën en probiotica voorspellen op basis van genoomsequentie

10-01-2014 \\ Innofood nieuws

Een consortium van Europese MKB-bedrijven en onderzoeksinstellingen hebben hun krachten gebundeld voor het ontwikkelen van GENOBOX, een nieuw bioinformatica-platform voor het voorspellen van de functionaliteit van voedselbacteriën en probiotica op basis van hun genoomsequentie. Dit platform stelt deze bedrijven in staat specifieke functionele voordelen op een snelle, goedkope en reproduceerbare manier te bepalen. Het consortium wordt gecoördineerd door NIZO food research.
 
Het experimenteel bepalen van de eigenschappen en functionaliteit van een micro-organisme is een ingewikkeld, tijdrovend en duur proces. Het functionele potentieel van een micro-organisme wordt voornamelijk bepaald door de genoomsequentie die enzymen en eiwitten codeert. Daarom hebben veel bedrijven hun industriële stammen gesequenced. De doelstelling van dit project is het vertalen van genomische gegevens naar stamfunctionaliteit, bv. overleving in het maagdarmkanaal, groei efficiëntie, probiotische eigenschappen, veiligheid of de productie van smaakstoffen. Dit vereist een bioinformatica-infrastructuur en expertise om deze gegevens te ontwikkelen, beheren en interpreteren.
 
Het Genobox-consortium
Een consortium van onderzoeksinstellingen en MKB-bedrijven uit de zuivel- en probiotische industrie besloten dit probleem aan te pakken door een softwareplatform met de naam GENOBOX te bouwen. Met behulp van dit platform kan de genoomsequentie van een micro-organisme gebruikt worden om zijn functionele eigenschappen te voorspellen. GENOBOX zal daarom onder meer een set van algoritmen voor annotatie van genen, metabole modellen, text mining en transcriptoomanalyse bevatten. Het platform kan de gegevens vergelijken met honderden genomen van micro-organismen die in het publieke domein beschikbaar zijn.
 
Het Genobox-consortium (www.genobox.eu) bestaat uit zes partners: Bioprox, LB Bulgaricum, NIZO food research, Universitair Medisch Centrum St Radboud, Sacco en Winclove Probiotics. De werkzaamheden binnen het consortium worden deels gefinancierd door de EU in het kader van het EU-FP7-programma.
 
Wynand Alkema, coördinator van het consortium, is erg enthousiast over GENOBOX. ‘De nieuwe pijplijn, zoals ik het noem, zorgt ervoor dat bedrijven de meest veelbelovende stammen kunnen selecteren voor bijvoorbeeld een nieuwe smaak, op basis van enkel genoomsequentiegegevens, in plaats van het uitvoeren van vele ingewikkelde en dure experimenten.’ Saskia van Hemert, senior wetenschapper bij Winclove Probiotics: ‘het GENOBOX-platform biedt nieuwe inzichten in de potentiële functionaliteiten van probiotische stammen en biedt de mogelijkheid om effectieve multispecies probiotische mengsels te ontwikkelen.’ Carmen Lapadatescu van Bioprox onderstreept dat dit project tevens leidt tot betere informatie voor de eindgebruikers. Alkema verwacht dat het GENOBOX-platform binnen 1½ jaar operationeel zal zijn.

 

Bron: NIZO food research